Microbiologie, Adaptation et Pathogénie (MAP)

Le projet scientifique de l’UMR 5240 est construit autour d'un intérêt partagé pour les processus d'adaptation des microorganismes. L’unité associe plusieurs équipes confirmées et des thématiques émergentes, dont une équipe ATIP-Avenir. Ces différentes équipes contribuent à la thématique globale en s'appuyant sur leur expertise de différents organismes: bactéries, levures, champignons ou protistes. L’objectif général est d’apporter une contribution aux connaissances des capacités d’adaptation et de résistance des organismes vivants qui interagissent avec des environnements variés et variables. Les paramètres de l’environnement considérés incluent des facteurs abiotiques (molécules toxiques, métaux, stress …) ainsi que, dans le cas de pathogènes, des conditions complexes générées lors de l’interaction avec leur hôte (plante, insecte, amibe, homme…). La diversité des modèles et des contextes environnementaux étudiés vient enrichir le projet scientifique global de l'unité.
Les recherches de l’unité visent à caractériser les mécanismes moléculaires de la réponse adaptative mise en place par les microorganismes et conduisant à l’ajustement du métabolisme cellulaire et des échanges avec l’extérieur. Elles concernent plus précisément la détection de l’environnement, la caractérisation des voies de signalisation (signaux, régulateurs et cibles), la modulation de l’expression des gènes par des facteurs spécifiques ou globaux, les mécanismes de résistance, et le trafic membranaire.
Les technologies utilisées reposent sur la génétique, la biologie moléculaire, la biochimie et la génomique. Les méthodes globales sont largement appliquées, principalement la protéomique, la transcriptomique, la métabolomique et la génomique comparative. L’association de diverses approches permet d’aller vers des études intégrées de métabolisme et de physiologie microbiennes.
La variété des systèmes étudiés permet de valoriser ces recherches fondamentales dans divers domaines comme l’environnement, la biotechnologie, la pathogénèse animale ou végétale. Certaines thématiques contribuent à répondre à des préoccupations sociétales concernant la santé publique. Par exemple, une équipe évalue comment les conditions générées par des activités humaines favorisent la multiplication des amibes et des bactéries pathogènes associées. Au niveau de la protection de l’environnement, une équipe propose la conception des biosenseurs afin d’estimer le niveau de pollution par les métaux d’un environnement donné. D’autres possibilités d’application concernent la production agricole, avec en particulier la lutte contre les pathogènes bactériens ou fongiques de plantes. Dans ce domaine, le partenariat étroit d’une équipe avec le centre de recherche de l’entreprise Bayer CropScience favorise l’interface entre la recherche publique et le milieu économique, en mesure de stimuler les initiatives de valorisation issues des connaissances fondamentales.

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