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Unité de recherche MAP UMR 5240

Microbiologie, Adaptation et Pathogénie

Biologie, médecine, santé

Adresse :
Université Lyon 1 Campus de la Doua Bâtiment Lwoff RDC
10 Rue Dubois
69622 Villeurbanne Cedex
Sur Internet :
http://map.univ-lyon1.fr/rapportActivite.asp
Téléphone :
33 (0)4 72 43 15 53
Télécopie :
33 (0)4 72 43 15 84
Structure(s) de rattachement :
Faculté des Sciences et Technologies

Rattachements externes :
Institut National des Sciences Appliquées de Lyon

Organisation


Axe(s) de recherche

L'UMR5240 Microbiologie, Adaptation & Pathogénie, créée en janvier 2007, associe quatre partenaires: le CNRS, l'Université Lyon 1 (établissement principal), l'INSA de Lyon, et l'entreprise Bayer CropScience. L'UMR5240 associe plusieurs équipes confirmées ainsi que des thématiques émergentes, dont une équipe ATIP-Avenir depuis janvier 2012.
Le projet scientifique est construit autour d'un intérêt commun pour les mécanismes d'adaptation et de pathogénie des microorganismes. Les différentes équipes contribuent à cette thématique en s'appuyant sur leur expertise de différents organismes: bactéries, levures, champignons ou amibes. Le phénomène d'adaptation implique des mécanismes permettant une utilisation optimale du milieu environnant pour la croissance mais aussi des capacités de résistance aux conditions hostiles rencontrées dans cet environnement.
Ces recherches visent à élucider les mécanismes de la réponse adaptative mise en place par les microorganismes, depuis la perception du signal et sa transmission jusqu'à la régulation de l'expression génique qui conduit à l'ajustement du métabolisme cellulaire. Elles concernent la modulation de l'expression des gènes, la caractérisation des voies de signalisation (signaux, régulateurs et cibles), la compartimentation cellulaire et l'implication de complexes multiprotéiques membranaires dans l'adaptation. Les technologies utilisées sont la génétique et la biologie moléculaire, tout en faisant régulièrement appel à la biochimie, la bioinformatique et la modélisation mathématique. Les études d'interactions ADN-protéines ou protéines-protéines sont régulièrement utilisées. Les méthodes globales de type "omics" sont développées, principalement la protéomique et la transcriptomique mais aussi la métabolomique et la génomique comparative. Certains travaux en cours cherchent à associer ces approches globales et la modélisation mathématique ou bioinformatique pour aller vers des études plus intégrées de métabolisme et de physiologie.
L'objectif général est d'apporter une contribution aux connaissances des capacités individuelles d'adaptation et de résistance des organismes vivants qui interagissent avec des environnements variés et variables. Les paramètres de l'environnement considérés incluent des facteurs abiotiques de type biochimique ou physico-chimique (molécules effectrices ou toxiques, métaux, stress oxydant, osmotique, pH') ainsi que des conditions plus complexes générées par des interactions biotiques. Dans le cas des microorganismes pathogènes, les conditions étudiées sont celles résultant de l'interaction avec le partenaire biologique (plante, insecte, amibe, homme'). La variété des modèles d'études et contextes environnementaux étudiés vient enrichir le projet scientifique global de l'unité.
Plusieurs axes de recherche contribuent à répondre à des préoccupations sociétales de santé publique et de protection de l'environnement. Certains prennent en compte les effets de l'anthropisation, au niveau de la pollution de l'environnement par les métaux ou des conditions générées par des activités humaines et industrielles qui favorisent la multiplication des amibes et des bactéries associées. Nos domaines d'application concernent aussi la production agricole, avec la lutte contre les pathogènes de plantes. Le partenariat d'une équipe avec la société Bayer CropScience favorise l'interface entre la recherche publique et le milieu économique, en mesure de stimuler les initiatives de valorisation issues des connaissances fondamentales.
Avec une cinquantaine de personnels permanents et l'accueil d'une trentaine de jeunes chercheurs en formation, l'UMR 5240 constitue aujourd'hui un pôle significatif dans le domaine de la microbiologie et de la pathogénie microbienne.

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