L'activité scientifique de l'Université Claude Bernard Lyon 1 se déploie au sein de 73 unités de recherche réparties entre quatre grands secteurs :
- Mathématiques - Sciences et techniques de l'information et de la communication
- Physique - Chimie - Sciences pour l'ingénieur et sciences de la terre et de l'univers
- Sciences du vivant
- Sciences humaines et sociales.

• 49 sont des Unités Mixtes de Recherche (UMR) c'est-à-dire qu'elles s'inscrivent dans un cadre contractuel avec un Etablissement Public à caractère Scientifique et Technologique (EPST).
• 2 unités sont des Formations de Recherche en Evolution (FRE).
• 20 unités sont des Equipes d'Accueil (EA) c'est-à-dire des unités contractualisées et soutenues financièrement par le Ministère de la Recherche.
• 1 unité est une Unité Mixte de Service (UMS)
• 1 unité est une Unité de Service de Recherche (USR)
• 39 en association avec le CNRS : http://www.cnrs.fr/
• 10 en association avec l'INSERM : http://www.inserm.fr/fr/ 
• 2 en association avec l'INRA : http://www.inra.fr/rhone-alpes/
• 2 en association avec l'IFSTTAR : http://www.ifsttar.fr/index.php
• 1 en association avec l'INRIA : http://www.inria.fr/centre-de-recherche-inria/grenoble-rhone-alpes

9 Structures Fédératives qui rassemblent des unités pouvant relever de plusieurs organismes ou établissements d’enseignement supérieur, autour d'un ou plusieurs thèmes scientifiques partagés