L'Université Claude Bernard Lyon 1 définit sa politique principalement via le contrat d'établissement qu'elle signe, tous les quatre ans, avec l'Etat. Son objectif majeur, annoncé en 2003, a été de transformer notre établissement en un établissement capable de réussir son insertion dans l'espace européen de l'enseignement supérieur et de la recherche. La mise en place complète du LMD  a permis d'appliquer les recommandations de Bologne en offrant des formations rénovées, adaptées à la mobilité européenne, permettant une orientation progressive des étudiants et fortement appuyées à la recherche.

Dans le domaine de la recherche l'Université Claude Bernard Lyon 1 a affiché clairement ses axes prioritaires : cancérologie, environnement et matériaux. Le récent succès de Lyon dans la course aux pôles de compétitivité renforce nos choix puisque l'infectiologie est reconnue comme pôle mondial et la chimie au service de l'environnement comme pôle à vocation mondiale. Notre Université par son potentiel important de recherche, par sa filiale EZUS-Lyon 1, la plus grosse dans le monde des universités, s'impliquera activement dans ces deux pôles. Enfin, notre Université, par ses nombreuses participations à des projets européens labellisés dans le 6° programme cadre, contribue au renom de la science lyonnaise en Europe.

L'Université Claude Bernard Lyon 1, c'est aussi la volonté de donner à chacun, qu'il relève des personnels ou qu'il soit étudiant, une culture d'établissement : faire en sorte que chacun, chacune pense d'abord université avant son laboratoire, son service ou sa formation. Une politique sociale avant tout, avec une vraie politique de restauration des personnels, des activités sociales, culturelles et sportives qui associent personnels et étudiants, professionnels et amateurs, une ouverture sur la ville et toute son agglomération.

L'Université Claude Bernard Lyon 1, c'est enfin l'affichage d'un établissement soucieux de promouvoir une démarche qualité, dans sa recherche, dans ses formations et dans les services qu'elle offre à ses usagers ou à la société. Notre Université est engagée dans une auto-évaluation complète, en politique de formation, en politique scientifique et pour son management au service de ses principales missions.

Ces axes politiques ont été réaffirmés dans le contrat quadriennal 2007-2010, avec en outre la volonté de l'Université de participer pleinement à la construction de l'Université de Lyon.