L'Université Claude Bernard Lyon 1 est dirigée par un Président, élu pour 4 ans. Il est assisté dans son action par une équipe présidentielle, composée de vice-présidents des trois conseils, d'autres vice-présidents délégués pour un domaine particulier et d'un directeur général qui dirige l'administration et est responsable de la gestion.

Les trois conseils sont élus par tous les membres de la communauté universitaire et se composent de représentants des étudiants, des personnels enseignants, des autres personnels et de quelques personnalités extérieures choisies par les membres élus :

- Le Conseil d'Administration (30 membres) définit la politique générale de l'établissement, vote son budget et prend toutes les décisions importantes en matière de gestion.

- Le Conseil des Etudes et de la Vie Universitaire (40 membres) propose les orientations pédagogiques et veille à la qualité de la vie universitaire.

- Le Conseil Scientifique (40 membres) définit la politique de recherche et de valorisation.

Les grandes fonctions transversales (ressources informatiques, documentation, TICE, activités sportives, médecine préventive...) sont organisées par des services communs, dont certains constituent des services interuniversitaires avec d'autres établissements Lyonnais.