Des structures fédératives, permettant de structurer une activité de recherche entre plusieurs unités reconnues au contrat, se sont mises en place.  Leur structuration a pour but d'obtenir des moyens communs permettant le développement d'un projet stratégique. Elles sont soutenues par la direction de la recherche.

Il existe à l'Université Claude Bernard Lyon 1 différents types de structure fédérative :

• les Instituts Fédératifs de Recherche (IFR) dans le secteur des Sciences de la vie.

• les Structures Fédératives de Recherche (SFR, FED ou FR)  qui rassemblent sur un site donné des unités pouvant relever de plusieurs organismes, autour d'un ou plusieurs thèmes scientifiques partagés. Souvent pluridisciplinaires, elles contribuent à identifier les pôles scientifiques les plus forts. Elles permettent la mutualisation de l'équipement mi-lourd.